La historia clínica puede orientar en la etiología de la elevación de la fosfatasa alcalina, así como la exclusión de dicha elevación como resultado del crecimiento óseo fisiológico (en niños y adolescentes), enfermedad ósea primaria como en la enfermedad de Paget, o la presencia de fracturas múltiples; además, en el tercer trimestre del embarazo la elevación de la fosfatasa alcalina se debe a la fosfatasa alcalina placentaria, de manera que antes de solicitar investigaciones adicionales, debe repetirse la determinación de esta, pues las elevaciones aisladas la misma no son frecuentes y pueden deberse a errores de laboratorio.

A continuación debe solicitarse la determinación de la gamma-glutamil-transferasa (GGT). Si los niveles de esta prueba son normales, es poco probable que la elevación de fosfatasa alcalina sea de origen hepático en este caso deben investigarse problemas óseos o renales.

Si la elevación de fosfatasa alcalina es de origen hepático y persiste, debe realizarse un ultrasonido para excluir obstrucción biliar o lesiones ocupantes de espacio. Si el ultrasonido es normal, esto orienta a la presencia de colestasis crónica o enfermedad hepática infiltrativa. Entre las enfermedades colestásicas se incluyen la colangitis esclerosante y la cirrosis biliar primaria; y entre las enfermedades infiltrativas deben ser excluidas la sarcoidosis y otras enfermedades granulomatosas.