Desde el inicio de la pandemia de COVID-19, la secuenciación genómica jugo un papel muy importante en el seguimiento de esta epidemia. Es el virus que más ha sido secuenciado en toda la historia, superando el número de secuencias con creces a las disponibles para VIH-1, por ejemplo.

La secuenciación de nueva generación (conocida como NGS por sus siglas en inglés) fue la herramienta que permitió este desarrollo, aunado a la disposición de la base de datos GISAID, para el acceso libre y universal a las más de 15 millones de secuencias disponibles para este virus para marzo 2023. La secuenciación genómica cobró particular importancia con el surgimiento de las variantes virales. Dos grandes plataformas comerciales han permitido obtener resultados muy satisfactorios en muy corto tiempo: las plataformas: los equipos de Illumina y de Oxford Nanopore (Figura 1).

Sin embargo, no todos los países disponían de las mismas capacidades de secuenciación de genomas completos, por lo que se idearon también estrategias racionales para la vigilancia genómica de las variantes del SARS-CoV-2. Un ejemplo de ello lo constituye la estrategia venezolana, que consistió en la secuenciación parcial del genoma viral (2% del genoma de más de 29.000 nt) para la identificación de mutaciones características de cada una de las variantes que circularon en el país, con una correlación de más del 99% con la secuenciación del genoma completo. Hasta la fecha se han analizado más de 10.000 secuencias parciales y unas mil de genomas completos, para describir la sucesión de variantes (Gamma, Mu, Delta, en menor proporción Alfa y Lambda, que fueron todas desplazadas por Omicron) (10) y ahora la circulación muy diversa de los distintos sub-linajes de la variante Omicron.