El diagnóstico concluyente de PCM ha sido basado, tradicionalmente, en la difícil identificación del hongo causal en muestras provenientes de lesiones del paciente, o en su lugar, a través de métodos indirectos de serología basados en la detección de anticuerpos. El más importante y confiable antígeno de P. brasiliensis es la glicoproteína gp43. Sin embargo, ella puede desaparecer de la circulación durante el tratamiento, a la vez que puede reaccionar positivamente con sueros provenientes de otras micosis [14]. Actualmente se están implementando métodos moleculares rápidos y de gran eficiencia como herramientas diagnósticas en micosis diversas. Hasta el momento, varias secuencias de DNA de P. brasiliensis han sido reportadas como potenciales sondas diagnósticas, en razón de su alta especificidad y sensibilidad. Goldani et al. [15] reportaron la clonación y secuenciación de un fragmento de 110 pb, del cual se derivaron dos sondas capaces de detectar un fragmento de apenas 62 pb, específico para el hongo. Sin embargo, los autores probaron estas sondas solamente en muestras provenientes de ratones infectados experimentalmente y no en muestras clínicas de pacientes con PCM [16].

Un ensayo por PCR usando sondas derivadas de secuencias del gen gp43, que codifica para el principal antígeno de P. brasiliensis, fue desarrollado para detectar el hongo en muestras de esputo [17] de 11 pacientes con PCM crónica. En cada una de ellas, se produjo una banda única de 0,6 kb, específica para el hongo. A partir de otros ensayos con PCR, Calcagno et al. [18] identificaron dos bandas específicas de P. brasiliensis (Figura 5) cuyo posible valor diagnóstico está actualmente en estudio.

Ese mismo estudio también sirvió para establecer la variabilidad genética de diversas cepas de P. brasiliensis por cuanto se pudo determinar una correlación entre las variaciones de DNA y áreas geográficas en América del Sur, de tal forma que 33 cepas del hongo pudieron discriminarse en 5 grupos, los cuales separaban a las cepas de origen argentino, brasileño (sólo Estado de São Paulo), colombiano, peruano y venezolano. Mientras tanto, otros trabajos desarrollados con esta misma técnica, lograron una agrupación según grados de virulencia [19]. Estos datos sugieren que P. brasiliensis podría consistir de varios grupos genéticamente diferenciados, aunque morfológicamente idénticos, como ya se ha discernido en otros hongos [20, 21], lo que podría explicar la diversidad de características patológicas de la PCM observadas por los micólogos clínicos.