La causa es desconocida por lo que se cree que es un trastorno de etiología multifactorial jugando un papel determinante la predisposición genética, una base autoinmune y algunos factores desencadenantes. ^{4, 5}  El origen autoinmune se sospecha debido a que el 5% se asocia a enfermedades autoinmunes (DM tipo I, Artritis Reumatoidea, Tiroiditis de Hashimoto, Anemia Perniciosa, Addison, Gastritis Atrófica, Miastenia Gravis); a la presencia de autoanticuerpos órganos específicos y al infiltrado peribulbar que se observa en la biopsia cutánea.^{15, 16} El 10-20% tiene historia familiar de la enfermedad sobre todo si es de inicio precoz, por medio de una transmisión autosómica dominante de penetrancia variable. También se puede considerar a la afectación viral del folículo piloso por citomegalovirus como causa de alopecia lo mismo que el estrés emocional. ^{6, 9} 

Es característico un infiltrado inflamatorio de linfocitos T (CD4) y células de Langerhans. En la fase activa de la enfermedad el infiltrado es significativo, se localiza en zona perivascular y peribulbar, mientras que en fase de estabilización de la enfermedad el infiltrado es escaso y de predominio perivascular. ⁷  Según el estadio de la enfermedad la proporción de folículos en una u otra fase del ciclo folicular varia, en fases iniciales la mayoría de los folículos se encuentran en catágeno o telogen avanzada y en casos de larga evolución se aprecia disminución de la densidad folicular y miniaturización de los folículos. ^{17, 19}