Según Antonio Sanabria y Rosario Beauperthuy de Benedetti, autores del libro Beauperthuy, ensayo biográfico (3, p.18), La Facultad de Medicina ya existía en París antes de la Revolución Francesa de 1789, pero se caracterizaba por funcionar de una manera bastante precaria: " …ella se limitaba a conferencias en latín y discusiones acerca de Hipócrates, Galeno o algún autor árabe. La enseñanza en el Colegio de Cirugía era también pobre. Los cirujanos eran entrenados por aprendices. Los títulos podían ser comprados. La Facultad de Medicina (…) era una cuerpo muerto".

No fue sino hasta los últimos años del siglo XVIII cuando este panorama comenzó a experimentar mejoras más acordes con el progreso cultural y científico de aquel tiempo. En este sentido, tres nuevas escuelas médicas fueron creadas, las enseñanzas meramente teóricas cedieron su privilegiado puesto a las actividades prácticas con pacientes, concentrándose las mismas en los aspectos anatómicos y quirúrgicos. También se unificaron los estudios de Medicina con los de Cirugía, fueron promovidos concursos de oposición para la contratación de profesores y se luchó porque éstos trabajaran a tiempo completo, entre otras transformaciones.

Precisamente, este fue el contexto que recibió a Luis Daniel Beauperthuy cuando su familia lo envió a París, en 1822, para que realizara los estudios con los cuales ejercería en el futuro su profesión de médico e investigador. Fue así como obtuvo los títulos de Bachiller en Letras (1829) en la Universidad de Francia y luego el de Doctor en Medicina (1839) en la Facultad de Medicina de esa misma ciudad.

Complementario a su formación académica, Beauperthuy tuvo la oportunidad de atender pacientes en hospitales como el Hotel Dieu, hacer investigaciones en el Museo de Historia Natural o Museum y asistir al College de France. Asímismo, tomó clases particulares de microscopía, gracias a las cuales aprendió a manejar lo que posteriormente fue un instrumento indispensable de trabajo. En efecto, gracias a las observaciones de excrementos, secreciones, muestras de sangre, etc. con su microscopio acromático "Vincent Chevalier" pudo elaborar las teorías que lo colocan en un sitial de honor en la medicina venezolana.

Mas su preparación estudiantil debió ser interrumpida en 1834 -presuntamente por motivos económicos-, pues a solicitud del padre tuvo que viajar a la parte oriental de Venezuela, junto a su hermano mayor Felipe, para instalar una compañía familiar. El tiempo allí transcurrido, lejos de representar un momento de ocio en la vida de esta figura, por el contrario, fue uno de los más provechosos: lo invirtió en recorrer casi todo aquel territorio y observar cómo las condiciones climáticas y geográficas de un lugar determinaban las características de sus habitantes (actividades productivas, condiciones de salud, hábitos alimenticios, etc). También, logró hacerse de una colección de insectos y plantas, que él posteriormente donó al Museum (1837), institución en la cual trabajaba como agente, desde sus primeros años como estudiante de Medicina.

A finales de 1835, el joven antillano regresó a la Ciudad Luz para culminar su formación académica. Ésta, se vio coronada con la presentación de su tesis titulada De la Climatologie (La Climatología). Puede afirmarse que este escrito fue el fruto de su primera experiencia en suelo venezolano y en ella ya es posible identificar las bases de sus futuras teorías. Sobre este punto, José María Llopis en su obra Luis Daniel Beauperthuy (5, p. 26), destaca lo siguiente:

Una vez graduado, Luis Daniel Beauperthuy le solicitó al Museo de Historia Natural que lo enviara de vuelta a Venezuela en condición de "viajero-naturalista" para así continuar con la observación y recolección de especímenes, emprendida en su primer viaje. A cambio, este hombre de ciencia se comprometía a enviarle a la institución, periódicamente, muestras de animales y plantas, contribuyendo así con el incremento de la colección de aquella institución. Lo que ni el Museum ni el mismo Beauperthuy sabían era que aquella estadía, en un principio temporal (unos tres años aproximadamente), se convertiría en 29 años de una fructífera e intensa labor tanto científica como médica.