En 1953, regresa a Venezuela y el 27 de mayo se incorpora a la Academia de Ciencias Físicas, Matemáticas y Naturales. El 25 de abril del año 1954, en Los Altos de Pipe, en el Estado Miranda, se va a fundar el Instituto Venezolano de Neurología e Investigaciones Cerebrales (IVNIC), hoy Instituto Venezolano de Investigaciones Científicas (IVIC), con más de 70 laboratorios de investigación proyectados para 27 edificios que ya el año siguiente, en 1955, estaban construidos y en 1956 se instalaría el Reactor Nuclear, un avance en Latinoamérica que atrajo hasta Venezuela al año siguiente, bajo el auspicio de la Fundación Nóbel y la Sociedad Internacional de Neurología y Neurociencias, a muchos grandes científicos del mundo, varios premios Nóbel entre ellos.

El gobierno de Pérez Jiménez se tambaleaba y el presidente buscó al hombre de mayor prestigio científico en el país para nombrarlo Ministro de Educación. El 16 de enero de 1958, Fernández Morán se dirigió a los jóvenes para decirles:

"Vivimos en la era atómica y de la conquista del espacio; ésta no es una hipótesis si no una realidad que absorbe la atención de todos los pueblos…La consigna para nuestra juventud es categórica; prepararse mediante el adiestramiento adecuado para cumplir su misión en nuestra era".(1)

No le entendieron el lenguaje y apenas duró 12 días en el cargo. Parafraseando al Dr. Roberto Jiménez Maggiolo, diré que Fernández Morán, debió irse de Venezuela: "…entre los insultos de un pueblo que no sabía de su valor y la envidia de los que si saben…".(1)

El 23 de enero del año 1958, estábamos cursando el segundo año de Medicina, cuando cayó Pérez Jiménez. Ante el alborozo de la naciente democracia, volví a escuchar a mi padre en su firme y acongojada defensa de nuestro joven sabio. Le habían endilgado, por culpa de la malhadada política, el remoquete de "El Brujo de Pipe". Se había visto obligado a abandonar el país y se decían horrores de él. Defendía simultáneamente mi padre a un tisiólogo discípulo del doctor Baldó, el doctor Pedro Iturbe, conocido por haber acabado con la tuberculosis que diezmaba a nuestros indígenas guajiros y quién en aquellos días era perseguido también pues le acusaban de perezjimenista y de loco. Ambos personajes eran perseguidos políticos, su reputación estaba en boca de todos por el pecado de haber cosechado éxitos en sus labores en ciencia y medicina, durante la dictadura del General Marcos Pérez Jiménez.